吴道南暂时未入京，因此由方、叶二人辅政。方从哲虽然多年在野，但他因为秉公直谏，敢于对抗宦官，且与朝廷当时的党争牵连较小，在当时声望很高。
次年，叶向高由于老病，请求归家。当时舆论多归于东林人物沈鲤。方从哲于是也投桃报李，追随大流，请求让沈入阁为首相，然而万历不纳。
其间吴道南于万历四十三年终于到京赴任，入参机务，然而旋即在四十五年因为前一年他主持会试时发生的科场舞弊案而自请辞职而去。因此，方从哲在整个万历后期基本上是一人独相，勉强维持国家的运转。
方从哲其实不是坚毅好斗，大权独揽的人，都在莫名其妙的情况下成为了大明首辅，接过叶向高的班，一人独相。
万历皇帝心想：“方卿！朕待你不薄，一个独相，掌管朝纲，此正是回报君恩之时，万历皇帝道：“方卿！此事朕就拜托你了。”
这个方从哲却是连头都不敢抬。
万历四十六年，就是抚顺失守的那一年，也就是党争大乱斗高潮前一年，方从哲意外后院起火。他的长子，大明尚宝局丞方世鸿被牵涉入一宗杀人命案。
方世鸿是方从哲长子，他因父得一闲官，不学无术，沦为一京城浪子。在狎妓时牵涉入妓女坠马身亡事件。因此被巡城御史弹劾而撤职。当时人们传言妓女是被他打死的，因而议论纷纷。
方从哲以子世鸿，被西城御史薛贞，以地方人命事参论。欲引咎辞职。
万历都是不肯谕之曰：卿子以诖误被参，既经相验的系马惊跌伤，供证甚明，非因殴毙。着法司从公理问，方今国事殷繁，阁务
第16章战斗帝(3/6)