群武林高手回到母体世界，想找出破解它的办法，救出被困在虚拟世界中的所有人。
于此同时，母体系统的杀毒软件，史密斯特工也展开了反击。过程中它不断把母体里的其他人复制成自己，而在复制的过程中，史密斯渐渐有了自主意识，最终它由杀毒软件不断进化，变成了强大的电脑病毒。
它的目的是要感染母体世界中的所有人，再进而控制整个机器世界，这是机器大帝所万万没有预料到的。因此，机器大帝赶紧叫来尼奥，并和他达成协议，只要尼奥消灭超级病毒，它便放了母体世界内的所有人类。
尼奥答应了。
随后便进入了母体世界，和超级病毒展开了一场惊天地、泣鬼神的战斗。在大战三百回合后，尼奥体力不支，一不小心被病毒复制加粘贴。
然而，机器大帝也由此获得了病毒的代码，从而将其成功清除。事后，机器大帝履行了承诺，将母体世界内的人类全部释放了出来。
因为不能再用人类做为生物能源，机器人决定开发其他的能源，并龟缩于新大陆上开始建立新的家园。
另一方面，人类重新获得了地球，虽然伤痕累累，但好歹还是个球。也不知过了多少代人的努力，人类终于清除了天空中的阴霾，并使地球的环境又恢复了曾经的青山绿水。
在悠久的岁月中感觉到了孤独的机器大帝，建立出了名为“乐园”的新母体世界，并通过模拟人类的思维，制造了许多生活其中的电子人。简而言之，便是生活在服务器之中，身体与思维都完全电子化，外在的躯体不过是一个即插即用的躯壳，以新人类自称。
这即是，超合众国联邦。
序章 听说故事(4/7)